私自身の経験ですが、パソコンをVistaに買い換えたら、
カーソルの変更が、その場ではできたように見えても、
次回起動時に反映されていなくて、立ち上げるたびに設定しなおさなければならず、
とても困りました。

管理者権限の問題かとも思いましたが、結局原因は分かりません。

ただ、いろいろやってみたのですが、カーソルの置き場がどうやら関係しているようです。
これまでは、マイドキュメントにカーソルを置いていたのですが、
Windows 本来のカーソルが置いてあるフォルダにカーソルを入れないとダメなようです。
ショートカットの作成ではダメでした。

そこで、このサイトでダウンロードしたカーソルは、
「コンピュータ｣→「ローカルディスク（C:）」→「Windows」
の順にフォルダを開き、
「Cursors｣のフォルダの中に入れてください。
フォルダのまま入れても、カーソルそのものを入れてもどちらでもいいようです。

たぶんこれで大丈夫かと思いますが、何しろ原因が分からないので、
確実に大丈夫とは言えないのです・・・・・・。

とりあえず、お試しください。